Протокол при эндометриозе — достаточно сложная, и всегда индивидуальная клиническая ситуация.

Для пациенток младше 35 лет предлагается терапия: это может быть хирургическое лечение и/или гормональная терапия 3-6 месяцев.
Далее оценивают, восстановился ли менструальный цикл. Если «да», то при отсутствии других показаний к ЭКО, ожидают наступления самостоятельной беременности в течение 6 месяцев перед тем, как прибегнуть к методам искусственного оплодотворения.
Такой маленький срок обуславливается тем, что многие методы лечения несовместимы с беременностью и эти лекарства работают в основном путем блока менструации и естественного цикл овуляции.
Женщина, которая хочет забеременеть, должна прекратить лечение эндометриоза, что в конечном итоге приводит к возвращению симптомов. В этих случаях важно время: забеременеть до возвращения серьезных симптомов — лучший вариант развития событий.

Женщинам старше 35 также предлагается терапия и вне зависимости от восстановления цикла предлагается прибегнуть к ВРТ без попытки самостоятельного зачатия.
Особенностью стимуляции является акцент на овариальном резерве и предыдущем гормональном лечении.
Часто это длинный и супердлинный протокол стимуляции яичников.

Особой ситуацией является эндометриома яичника, которая является противопоказанием к методам ВРТ и требует лечения.
В это же время эндометриома является причиной сниженного овариального резерва, как сама по себе, так и после вмешательств.
Одним из возможных решений является создание банка яйцеклеток или эмбрионов в накопительных программах до планируемого лечения.

Женщинам с эндометриозом стоит задуматься о ПГТ, значительный процент яйцеклеток и эмбрионов может быть генетически аномальным, поскольку эндометриоз влияет на созревание яйцеклеток.